Bývalý kostel sv. Anny na Starém Městě, které je součástí městské památkové zóny zapsané do světového kulturního dědictví UNESCO, byl založen sv. Václavem již v roce 927 n. l., a to jako kostel sv. Vavřince, který byl v držení templářů. Po zrušení řádu jej kupují johanité, kteří jej prodali dominikánkám z kláštera sv. Anny na Újezdě. Na jeho místě byl pak ve 14. století vybudován jednolodní gotický chrám. Jako jediný pražský kostel nebyl dotčen husitskými válkami. V klášteře strávil poslední léta svého života kronikář Václav Hájek z Libočan, v roce 1553 zde byl i pohřben. V 17. století se opravoval a přestavoval hlavně klášter. Za Josefa II. byl v roce 1782 klášterní kostel zrušen, odsvěcen, prodán za 19 tisíc zlatých a proměněn v průmyslový podnik a skladiště. V letech 1880–1884 byla odstraněna tři horní patra věže a stržena gotická klenba. Teprve roku 1956 byla východní část přízemí uvolněna pro archeologický výzkum. Od 70. let 20. století probíhaly v kostele s přestávkami opravy vnějšího pláště a krovu včetně střechy. V letech 1998–2004 pak probíhala ve třech etapách rekonstrukce kostela sv. Anny podle návrhu architektky Evy Jiřičné.

Nyní v tomto odsvěceném kostele sídlí Mezinárodní duchovní centrum Pražská křižovatka. Jedná se o jeden z projektů Nadace Dagmar a Václava Havlových VIZE 97, který se snaží kostel obnovit. Díky tomu si nadace kostel pronajala od Národního divadla na 99 let za symbolickou jednu korunu. Společně s Anenským klášterem se jedná o kulturní památku.

Podle dendrologických rozborů byl strmý krov nad lodí kostela sv. Anny dokončen po roce 1364, je pravděpodobně jediným dochovaným krovem ze středověku u nás. V rámci rekonstrukce střechy, kterou jsme prováděli v roce 2015 a která odstranila nevhodné stavební úpravy let minulých, byla stávající skladba nahrazena dvouplášťovou střechou s břidlicovou krytinou a takzvaným moravským krytím. Znovu bylo obnoveno přirozené větrání střešní konstrukce.